通辽市疾病预防控制中心是按照国家疾病预防控制体制改革要求，在原通辽市卫生防疫站和通辽市劳动卫生职业病防治所的基础上，于2004年5月重新组建的公益性事业单位，承担着全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等七项职责。
中心建筑面积近6千平方米，共设18个职能科室和专业科室，工作人员114人，其中高级专业技术人员占业务人员总数的30%以上，博士、硕士8人。拥有标准P2实验室、PCR实验室、国家流感网络监测实验室、艾滋病初筛实验室等，各类实验室仪器设备230余台（件），其中全自动病毒载量检测仪、高效液相色谱仪、实时荧光定量PCR系统等大中型仪器设备70余台。
中心建成“公共卫生综合信息管理平台”，在综合管理和业务工作方面实现了数字化管理。近几年传染病防控工作成效显著，中心经受甲型H1N1流感、手足口病等新发传染病防控工作的考验，较好地控制麻疹、流行性腮腺炎等传染病高发态势，及时、妥善处置流脑、流感、食物中毒、水污染等多起突发公共卫生事件。中心不断完善免疫规划法规体系建设，全面落实扩大国家免疫规划政策，积极开展预防接种服务，常规免疫和扩大免疫规划疫苗接种率始终保持在99%以上。我市艾滋病防治工作始终走在自治区前列，特别是近几年开展的男男性接触人群高危行为干预工作，填补了我市此项工作的空白， 2011年荣获全区艾滋病综合防治工作质量奖。中心着重开展以高血压、糖尿病为切入点的慢性病防治工作，全面启动自治区慢性非传染性疾病数据库，中心开展的儿童防龋工作获得卫生部 “中西部地区儿童口腔疾病综合干预项目”奖。近几年中心完成14项大中型企业建设项目职业病危害评价，建设项目职业病危害评价资质由丙级晋升到乙级，标志着中心职业病防治工作能力和水平又上一个新台阶。学校卫生工作取得新进展，建成自治区首家以儿童青少年身心健康服务的专业网站——“通辽市中小学卫生保健网”，实现通辽市学校卫生工作信息化服务的目标。近几年中心检测能力大幅提高，通过计量认证的检测项目有10类458项。艾滋病初筛实验室能够独立开展艾滋病初筛、CD4细胞和病毒载量检测；作为国家流感网络监测实验室，能够独立完成流感和手足口病等病毒的核酸检测和分离鉴定；近两年承担国家食品安全监测项目，共完成1500多个样品5450多个项次的检测任务。
中心重视人才引进和培养，通过“走出去、请进来”的方式，加强职工培训，通过专业人才引进，人员结构得到改善，人员素质得到提高。中心作为苏州大学预防医学研究生培训基地、内蒙古医学院教学基地，开展多层次人才培养。近几年同中国协和医大、哈尔滨医大、苏州大学联合开展多项科研项目，研究成果获得自治区二等奖1项、通辽市科技进步一等奖2项。2011年又有四项研究成果，分别通过自治区科技厅、通辽市科技局组织的科研成果鉴定。
中心自成立以来，始终坚持“预防疾病、促进健康、和谐求实、开拓进取”的工作方针，不断加强能力建设，强化目标管理，各项工作取得长足发展，2012年通辽市人民政府为中心颁发“通辽市公共卫生进步奖”。